Có hai vấn đề với kiểm thử lớp tương đương đơn giản. Thứ nhất là thông thường khi mô tả bài toán thì tài liệu không nói rõ các trường hợp khi đầu vào không hợp lệ thì kết quả là gì. Nếu có nói thì cũng thường chỉ đề cập đến một số trường hợp đã biết mà không xét đến mọi khả năng có thể. Ví dụ chúng ta viết chương trình giải phương trình bậc hai với ba hệ số nguyên a, b, c được nhập vào từ bàn phím. Rất nhiều lập trình viên sẽ chuyển ngay xâu ký tự người sử dụng nhập vào thành các số và gán cho các hệ số này. Nhưng nếu người sử dụng nhập một xâu chữ thì chương trình không kiểm tra để có thông báo phù hợp cho người sử dụng. Khi thiết kế kiểm thử chúng ta phải bổ sung một loạt các trường hợp mà hệ thống phải đưa ra kết quả bổ sung hoặc các thông báo lỗi phù hợp cho các trường hợp này. Thứ hai là một số ngôn ngữ lập trình có hệ thống kiểm tra kiểu mạnh như Java, C# thì không thể đưa giá trị sai kiểu vào được nên chúng ta không cần các ca kiểm thử cho giá trị sai kiểu, nhưng vẫn cần kiểm tra dữ liệu do người sử dụng nhập vào, và chỉ kiểm tra dữ liệu không hợp lệ cùng kiểu. Tuy nhiên trong các ngôn ngữ lập trình script như  Javascript, PHP, Python, không có kiểm tra kiểu mạnh nên các lỗi loại này khá phổ biến do đó ta cần xét kỹ việc chia miền đầu vào thành các lớp tương đương.