Một trong những trọng tâm của quản trị chuỗi cung ứng nông sản thực phẩm hiện nay là vấn đề chất lượng, vệ sinh an toàn của sản phẩm đầu ra. Do những đặc trưng riêng biệt của nông sản thực phẩm, việc quản lý chất lượng trên chuỗi, từ trang trại tới bàn ăn gặp nhiều khó khăn. Đây cũng là rào cản lớn nhất đối với nông sản thực phẩm Việt Nam trong việc cạnh tranh trên thị trường nội địa cũng như việc thâm nhập vào thị trường quốc tế.

Để có thể nâng cao chất lượng nông sản thực phẩm, cần phải gia tăng các biện pháp quản lý hiện đại nhằm nâng cao năng lực và hiệu quả của chuỗi dựa trên cơ sở chuẩn hóa toàn bộ quy trình, thủ tục làm việc trong toàn bộ chuỗi, từ khâu sản xuất đến khâu tiêu thụ, đặc biệt là quy trình lựa chọn nhà cung ứng. Bên cạnh đó, cần xây dựng hệ thống giám sát chặt chẽ, khuyến khích người dân và doanh nghiệp tham gia chuỗi và thực hiện theo quy chuẩn. Hiện nay, nhìn chung việc quản lý chất lượng chuỗi cung nông sản thực phẩm được thực hiện theo hai trường phái. Thứ nhất là quản lý chất lượng theo các bộ tiêu chuẩn, chẳng hạn như ISO 22000, HACCP, VietGap, GlobalGAP. Thứ hai, là  sử  dụng biện pháp truy xuất nguồn gốc. Hệ thống này cho phép cung cấp thông tin về phía trước và phía sau.

Dòng thông tin là một vấn đề quan trọng, mấu chốt trong quản lý chuỗi cung ứng thực phẩm. Thông tin giúp nhà quản lý, người dân hay các thành phần khác trong xã hội khi tham gia vào chuỗi

cung ứng an toàn thực phẩm có thể truy xuất dữ liệu, kiểm tra, giám sát theo thời gian thực (real time- giám sát dữ liệu đúng lúc nó xảy ra) từ khâu chọn giống, nuôi trồng, thu hoạch, sản xuất, xử lý, lưu trữ, phân phối, cho đến khâu tiêu thụ sản phẩm hay gọi là từ trang tại đến bàn ăn. Đồng thời, các giải pháp CNTT đem lại những triển vọng khả quan cho việc giải quyết những thách thức về truy xuất nguồn  gốc và giám sát VSATTP.

Dòng thông tin giúp thiết lập một kênh hợp tác làm việc mới giữa các nhà sản xuất thực phẩm, vận tải và các công ty bán lẻ, bệnh viện, trường học, cơ quan quản lý nhà nước... mà trước đây chưa từng có để đảm bảo phân phối hiệu quả và an toàn thực phẩm. Chẳng hạn, các công ty sử dụng thiết bị kiểm tra được kết nối với nhau để có thể xác định được chất lượng thực phẩm ngay khi nó rời nhà máy hoặc kho. Sau đó các nhà quản lý đội xe có thể tận dụng hệ thống CNTT để kiểm soát nhiệt độ của thực phẩm trong buồng lạnh của xe tải trong quá trình vận chuyển bởi các cảm biến nhiệt độ. Bất kỳ sự thay đổi nhiệt độ có thể đưa ra những cảnh báo và tự động điều chỉnh độ lạnh của xe tải. Cuối cùng, khách hàng nhận được thực phẩm an toàn đúng thời gian và không gặp bất kỳ vấn đề nào khác.

Rất nhiều nghiên cứu trên thế giới đã tập trung nghiên cứu, phân tích để thấy rõ lợi ích cũng như tính tất yếu của việc hợp tác giữa các mắt xích trong chuỗi cung ứng nông sản thực phẩm. Tại Brazil, quốc gia xuất khẩu cà phê hàng đầu thế giới, sự lỏng lẻo trong hợp tác giữa các nông hộ đã làm cho họ không bảo đảm được chất lượng của cà phê. Kết quả là nông dân buộc phải giảm giá để cạnh tranh với nhau trên thị trường (Cafaggi, et al. 2012). Mới đây, Schuster và Maertens (2013) đã tiến hành phân tích định lượng chuyên sâu và đã khám phá ra rằng mối quan tâm của hộ nông dân và doanh nghiệp là khác nhau. Trong khi người nông dân mới chỉ quan tâm đến chất lượng, vệ sinh an toàn của sản phẩm thì các doanh nghiệp đã tập trung nỗ lực của mình vào các vấn đề như đạo đức và môi trường. Sự bất đồng này ảnh hưởng mạnh mẽ đến sự hợp tác giữa họ.

Nghiên cứu của Bacon et al. (2014) cho thấy, tại miền Bắc Nicaragua, do thiếu liên kết giữa  nông hộ và thị trường, cà phê sau khi thu hoạch của nông dân không được bán với giá hợp lý. Tại đây, những tổ chức nông dân địa phương đã được hình thành để thiết lập mối quan hệ hợp tác giữa nông  dân và những thành phần khác tham gia vào thị trường (Bacon et al., 2014).

Nhìn chung, nhiều nghiên cứu trên thế giới đã cho thấy đại bộ phận nông dân nói chung đang sản xuất nhỏ lẻ, tự phát. Vì năng lực có hạn, nên họ gặp nhiều khó khăn về vốn cũng như các nguồn lực phục vụ cho sản xuất, và đặc biệt, họ gặp khó khăn trong việc bảo đảm chất lượng, trong việc tuân thủ các tiêu chuẩn về nông sản do thị trường yêu cầu. Các nghiên cứu cũng cho rằng sự tham gia của nông dân vào các chuỗi cung ứng còn hạn chế. Mối quan hệ liên kết giữa sự không chuyên nghiệp của nông dân với chuỗi cung ứng chuyên nghiệp còn yếu ớt (Oxfam, 2010). Thiếu sự tham gia của các trung  gian trong việc kết nỗi giữa sản lượng sản xuất nhỏ của nông dân với các đơn hàng xuất khẩu quy mô lớn, yêu cầu chất lượng cao của doanh nghiệp. Để giải quyết vấn đề này, không có biện pháp nào khác là phải tạo dựng và đầu tư vào quan hệ đối tác giữa các nông hộ và doanh nghiệp. Điều này có thể tạo ra một chuỗi cung ứng bền vững, đem lại danh tiếng, thương hiệu cho doanh nghiệp, đồng thời xóa đói giảm nghèo, nâng cao năng suất, phát triển cơ sở hạ tầng và sự thịnh vượng chung của xã hội (Oxfam, 2010).

Nhìn chung, nhiều quốc gia đã nhận thấy sự yếu kém của chuỗi cung ứng nông sản liên quan nhiều tới việc thiếu hợp tác giữa nông hộ và các thành phần khác trên chuỗi. Và kết quả của sự thiếu hợp tác này đã làm giảm giá trị, hiệu quả kinh doanh của các chuỗi nông sản thực phẩm. Với đòi hỏi ngày càng khắt khe của thị trường thế giới, các chuỗi cung ứng nông sản thực phẩm phải được cải tiến,nâng cao khả năng ứng dụng các hệ thống quản lý chất lượng hiện đại, khả năng truy xuất nguồn gốc đáp ứng đòi hỏi của khách hàng.